1894年，朝鲜东学党起义的爆发及朝鲜政府向中国请求派兵的举动，为日本军队的进驻朝鲜提供了借口，最终引发了甲午中日战争。随着局势的发展，日本迅速派遣大军进入朝鲜，并为其侵略行为寻找理由。在战争初期，中日两国的陆军在多个战场展开了激烈战斗，包括成欢之战、平壤之战、鸭绿江江防之战、金旅之战和辽东之战等。而在海洋方面，丰岛海战、黄海海战和威海卫之战也是双方争夺的重要海域。无论是陆地还是海洋，日军几乎都在各大战役中取得了显著的胜利。

特别是随着1894年9月的平壤之战及黄海海战中清军的连连失利，战局急剧向日本倾斜，战场也逐渐从朝鲜地区转移到中国本土。到1895年2月，威海卫之战的失败让北洋水师几乎全军覆没，清朝政府对战争失去了信心。日本则趁势维持着强大的军事压力，形成了从海洋到陆地都朝着京师（今北京）进发的态势。在这一情况下，清朝自1894年10月起便不断借助欧美列强对日本进行和谈，而随着战争的推进，日本也意识到“日清战争不能无限期地持续下去，和谈的时机早晚会到来”，因此也开始愿意进行和谈。最终，中日双方在马关达成了和解，开启了马关和谈的进程。

1895年，马关条约的签署使清朝被迫结束与朝鲜的宗藩关系，正式承认朝鲜的独立地位。实际上，在甲午战争爆发之初，朝鲜首都汉城早已被日本占领。随之而来的是，日本扶持的亲日政府在朝鲜执政，直到1897年大韩帝国的成立。然而，在这个历史背景下，清朝尽管失去了在朝鲜的所有势力，仍然成功保留了对朝鲜海关的控制权。这一切的根源在于，清朝海关总税务司所辖的朝鲜海关依旧由清朝北洋大臣李鸿章任命的英国人柏卓安负责管理，这反而让日本无法完全取而代之。

维持这一局面的关键人物赫德，作为在清朝海关服务多年的英国人，他曾力主清朝加强对朝鲜海关的控制，通过在总税务司及随员中引入大批中国人才，有效地巩固了清朝的海关权力。经过数十年的经营，这些由清朝派遣的西洋人已在朝鲜海关深入浸透，利用他们与生俱来的特殊身份，使得清朝即便在政治上承认朝鲜独立、军事上全面撤退的情况下，依然能够在海关事务上保持一段时间的掌控。

1897年，随着大韩帝国的成立，柏卓安曾被迫辞职，但不久，他又被韩国政府请回继续管理海关。在清韩建交问题上，柏卓安也发挥了积极作用。然而，到了1905年，已经全面掌控韩国内政和外交事务的日本政府找到借口将柏卓安罢免，最终，这位英国人才不得不返回清朝。值得一提的是，柏卓安在晚清时期曾参与了首个派往西方的外交使团“蒲安臣使团”，其在清朝的经历对于后来的历史研究具有重要的参考价值。后来的袁世凯与张之洞在处理津镇铁路借款时，袁世凯提到日本以任意失信、不遵守信约为由将柏卓安撤职的事例，以此来论证津镇草约不可轻易废止的观点。